Dem Rektorat der Hochschule Heilbronn gehören hauptamtlich der Rektor und der Kanzler sowie nebenamtlich die Prorektorin und die Prorektoren an. Das Rektorat leitet die Hochschule mit ihren vier Standorten. Im Rahmen des Landeshochschulgesetzes und der Grundordnung der Hochschule Heilbronn zählen zu seinen Aufgaben unter anderem die Struktur- und Entwicklungsplanung, die Planung der baulichen Entwicklung, die Aufstellung und der Vollzug der Haushaltsplanung sowie der Abschluss von Hochschulverträgen und Zielvereinbarungen.